L’Oqali s’appuie sur deux comités :
– Le comité de pilotage (COPIL) de l’Oqali comprend des représentants des trois ministères chargés de l’agriculture, de la santé et de la consommation, de l’Anses et d’INRAE. Ce COPIL approuve le programme de travail et valide les rapports de l’Oqali.
– Le comité d’orientation technique (COT) est composé des membres du COPIL, des représentants des industriels, des distributeurs et des consommateurs et du secrétariat interministériel du Conseil National de l’Alimentation. Ce COT donne son avis sur le programme de travail ainsi que sur les rapports de synthèse.

Lors de la réalisation d’études par catégorie d’aliments, des groupes de travail sont également mis en place : ils comprennent l’Anses, INRAE et des professionnels du secteur étudié. Ces groupes de travail permettent de faciliter le recueil d’information, de valider la nomenclature utilisée pour chaque étude ainsi que d’intégrer des éléments d’interprétation des résultats.